通常由如下模塊（可以單獨工作或組合工作）：切片模塊：通常由控制系統、機械系統、驅動系統、刀架、刀片、罩殼等組成。制片模塊：通常由攪拌、細胞吸附、細胞轉移、細胞過濾裝置、離心模塊等組成。脫水模塊：通常由控制系統、樣本傳輸系統、脫水缸、石蠟缸等組成。包埋模塊：通常由控制系統﹑熔蠟系統、冷卻系統等組成。涂片模塊：通常由控制系統、樣本采集系統、涂片系統等組成。染色模塊：通常由樣品轉移、染色、控制部分等組成。抗原修復模塊：通常由控制系統，反應缸、切片架等組成。原理一般為熱修復和化學修復等。組織處理模塊：通常由控制部分、超聲源、溫控器、電加熱器、水溫傳感器、試劑缸、石蠟缸、冷凍臺、冷水機、加熱部分等組成。玻片處理模塊：通常由玻片處理平臺（包括試劑槽、水浴槽、干燥倉、機械臂和加熱模塊等）、系統控制中心、管路系統、排風系統等組成。